اکولوژی، شاخه‌ای از زیست‌شناسی است که به مطالعه موجودات زنده و روابط آنها با يكديگر و محیط می‌پردازد. این مطالعه می‌تواند در سطح موجودات زنده پرسلولی نظیر گیاهان، جانوران، جمعیت‌ها یا اجتماعات اکوسیستم‌ها صورت گیرد، بنابراین اکولوژی یک علم چند بعدی است که با علوم دیگر نظیر زمین‌شناسی، جغرافیا، هواشناسی، زیست و فیزیک در ارتباط مستقیم می‌باشد.

اکولوژی میکروبی شاخه‌ای از میکروبیولوژی است که به مطالعه میکروارگانیسم‌ها نظیر باکتری‌ها، آرکی‌ها، قارچ‌ها، تک‌یاخته‌ها، ویروس‌ها، تنوع زیستی آنها، روابطشان با یکدیگر و با محیط زنده و غیر زنده می‌پردازد و با شاخه‌های دیگر نظیر فیزیولوژی میکروارگانیسم‌ها و میکروبیولوژی خاک ارتباط نزدیکی دارد. 

 پیشگفتار / ۹

فصل اول: تنوع میکروارگانیسم‌ها/ ۱۱

۱-۱- موضوع‌های اصلی/۱۱

۱-۲- مقدمه./ ۱۱

۱-۳- سازگاری میکروارگانیسم‌ها/ ۱۸

۱-۴- تنوع شگفت‌انگیز مورفولوژی/ ۱۹

۱-۴-۱- مقایسه سه قلمرو./ ۲۱

۱-۴-۲- پروکاریوت‌ها: این نام بیانگر چه چیزی است؟/ ۲۱

۱-۴-۳- آزمایشات وینوگرادسکی در مورد کمولیتوتروف‌ها/ ۲۲

۱-۵- تنوع گروه‌های باکتریایی/ ۲۴

۱-۵-۱- گسترش و بسط تعدادی از راسته‌های باکتریایی/ ۲۴

۱-۵-۲- گروه‌های باکتریایی: فرایندها و نقش‌آفرینان آنها/۲۶

۱-۶- کشف آرکی‌ها به عنوان قلمروی مجزا/۳۴

۱-۷- تنوع آرکیایی/۳۴

۱-۷-۱- آرکی‌ها/ ۳۷

۱-۸- تفاوت‌های آرکی‌ها- باکتری‌ها/۴۳

۱-۹- یوکاریوت‌ها: تصویری متغیر از تنوع فیلوژنتیکی/۴۴

۱-۱۰- تنوع آغازیان/ ۴۴

۱-۱۰-۱- گروه آغازیان/۴۶

۱-۱۱- تنوع قارچ‌ها/۴۹

۱-۱۲- تنوع جلبک‌ها/۵۴

۱-۱۳- تنوع ویروس‌ها/ ۵۶

۱-۱۴- خلاصه./۵۸

۱-۱۵- پرسش‌هایی درباره این فصل/ ۶۰

Bibliography/۶۱

فصل دوم: بررسی اکولوژیکی زیستگاه‌های میکروبی/ ۶۳

۲-۱- موضوع‌های اصلی/۶۳

۲-۲- مرور کلی بر زیستگاه‏ها/ ۶۴

۲-۲-۱-Nich/۶۶

۲-۲-۲- Guild/۶۶

۲-۳- زیستگاه‌های آبی/۶۷

۲-۳-۱- آب شیرین/۷۱

۲-۳-۲- زیستگاه‌های دریایی/ ۸۱

۲-۳-۳- اکوسیستم خلیج/ ۸۳

۲-۴- مطالعه اکولوژی میکروبی اعماق زمین و مخازن نفتی/ ۸۶

۲-۴-۱- نمونه‌گیری/ ۸۶

۲-۴-۲- روش‌های بررسی جمعیت‌های میکروبی مخازن نفتی/ ۸۷

۲-۴-۳- میکروفلور مخازن نفتی/. ۸۷

۲-۴-۴- اثرات مخرب میکروارگانیسم‌ها بر صنعت نفت/۹۴

۲-۴-۵- کاربردهای بیوتکنولوژی در نفت/ ۹۵

۲-۴-۵-۱- ازدیاد برداشت میکروبی نفت/ ۹۶

۲-۴-۵-۲- پاکسازی زیستی/ ۹۸

۲-۴-۵-۳- انواع روش‌های درمان آلودگی/۱۰۲

۲-۴-۵-۳-۱- روش‌های پاکسازی زیستی/۱۰۲

۲-۴-۵-۴- مقایسه و انتخاب روش‌های پاکسازی/۱۰۶

۲-۴-۵-۵- جداسازی امولسیون‌های روغن- آب/۱۰۶

۲-۴-۵-۶- گوگردزدایی و نیتروژن‌زدایی میکروبی/۱۰۷

۲-۴-۵-۷- حذف فلزات سنگین از نفت خام/۱۰۸

۲-۴-۵-۸- تکنولوژی آنزیمی در صنعت نفت/ ۱۰۸

۲-۴-۵-۹- تولید نفت/۱۰۸

۲-۵- زیستگاه‌های خاکی/ ۱۰۹

۲-۵-۱- شبکه‌های غذایی میکروبی در زیستگاه خاکی/۱۱۰

۲-۵-۲- دو جنس دیگر از باکتری‌های خاک: ژئوباکترها و باکتری‌های مگنتوتاکتیک /۱۱۵

۲-۵-۲-۱- ژئوباکترها/...................... ۱۱۶

۲-۵-۲-۲- شناسایی و جداسازی باکتری‌های مغناطیسی (مگنتوتاکتیک) ازخاک/۱۱۷

۲-۶- زیستگاه‌های زیر سطحی و صخره‌ای/۱۲۰

۲-۶-۱- Rock Varnish/ ۱۲۰

۲-۶-۲- زیستگاه‌های غاری/۱۲۷

۲-۶-۳- آب‌های زیرزمینی/ ۱۲۸

۲-۶-۴- زیر سطح زمین یا دریا/ ۱۲۹

۲-۷- زیستگاه‌های اتمسفری/۱۳۰

۲-۷-۱- تنوع میکروبی اتمسفر/ ۱۳۰

۲-۷-۲- رازهای ناشناخته/ ۱۳۳

۲-۸- اکولوژی جمعیت بین زیستگاه‌ها/۱۳۳

۲-۸-۱- رشد جمعیت و علم دینامیک (پویاشناسی)/۱۳۴

۲-۸-۲- انتقال افقی ژن/۱۳۶

۲-۸-۳- جغرافیای زیستی در مقابل همه چیز در همه جا با انتخاب‌های محیطی/۱۳۷

۲-۹- خلاصه/۱۳۹

Bibliography/۱۴۱

فصل سوم: چگونگی بررسی اکولوژی میکروبی/ ۱۴۳

۳-۱- موضوع‌های اصلی/۱۴۳

۳-۲- مقدمه/۱۴۴

۳-۳- نمونه‏گیری و نگهداری نمونه/ ۱۴۶

۳-۴- بررسی میکروسکوپی./. ۱۴۸

۳-۴-۱- رنگ‌آمیزی‏های گِرَم/۱۴۸

۳-۴-۲- روش‌های شمارش مستقیم./۱۴۹

۳-۴-۳- شناسایی سلول‏های دارای تنفس فعال/۱۵۱

۳-۴-۴- هیبریداسیون فلورسنت در‏جا (FISH)/ ۱۵۲

۳-۴-۵- میکروسکوپ الکترونی/ ۱۵۴

۳-۵- کشت میکروارگانیسم‌ها/ ۱۵۷

۳-۵-۱- تنفس میکروبی/۱۶۰

۳-۵-۲- زیست‌توده میکروبی/ ۱۶۰

۳-۵-۳- اندازه‏گیری استفاده از سوبسترا‏های کربن/۱۶۱

۳-۶- آنالیز ساختار لیپیدی/۱۶۲

۳-۷-۱-فیلوژنی و رسم ساده درخت فیلوژنی/۱۶۷

۳-۸- روش‌های کشت در مقابل روش‌های مولکولی: مقایسه مطالعات خاک/۱۶۹

۳-۹-روش‌های انگشت نگاری/ ۱۷۱

۳-۹-۱- الکتروفورز ژل شيب‌دار واسرشت‌کننده/۱۷۱

۳-۱۰- متاژنومیکس/۱۷۱

۳-۱۱- پروتئومیکس محیطی/ ۱۷۳

۳-۱۲- مطالعات ایزوتوپ پایدار/۱۷۶

۳-۱۳- روش‌هاي ايمنی‌شناسی/۱۷۸

۳-۱۳-۱- برچسب‌گذاري فلورسنت/ ۱۷۸

۳-۱۳-۲- ELISA/ ۱۷۹

۳-۱۳-۳- الیزای‌ رقابتي/۱۷۹

۳-۱۳-۴- تفكيك ايمونومغناطيس/ ۱۸۰

۳-۱۳-۶- كروماتوگرافي ايمونوافينيتي/۱۸۱

۳-۱۳-۷- ايمونوسيتوشيمي/ ۱۸۱

۳-۱۳-۸- ایمونوآگلوتیناسیون./ ۱۸۲

۳-۱۵- پرسش‌هایی درباره این فصل/۱۸۳

Bibliography./ ۱۸۴

فصل چهارم: برهمکنش‌های جوامع میکروبی./۱۸۷

۴-۱- موضوع‌های اصلی/۱۸۷

۴-۲- مقدمه/۱۸۸

۴-۳- طبقه‏بندی برهمکنش‌های میکروبی/ ۱۹۰

۴-۳-۱- برهمکنش‌های مثبت/۱۹۰

۴-۳-۲- برهمکنش‌های منفی/۱۹۴

۴-۴- برهمکنش بین جوامع میکروبی مختلف/ ۱۹۵

۴-۴-۱- بی‏طرفی [خنثی]./ ۱۹۵

۴-۴-۲- همسفرگی/۱۹۷

۴-۴-۳- هم‏ غذایی (سینتروفیسم)/ ۱۹۹

۴-۴-۴- رقابت/۲۰۱

۴-۴-۵- انگلی یا پارازیتیسم/۲۰۳

۴-۴-۶- صیادی/ ۲۰۵

۴-۴-۷- مثال‏هایی از انگل‏ها و صیاد‏ها/۲۰۷

۴-۴-۸- تضاد (آنتاگونیسم، آمنسالیسم)/۲۱۲

۴-۵- روابط همزیستی/ ۲۲۵

۴-۵-۱- دیاتوم‌ها/ ۲۲۵

۴-۵-۲- گلسنگ/۲۲۶

۴-۵-۳- همزیستی بین باکتری و پروتوزوآ/.... ۲۳۳

۴-۶- همزیستی باکتری- قارچ/ ۲۳۴

۴-۷- برهمکنش‌های بین پروکاریوتی (پروکاریوتی- پروکاریوتی)/۲۳۴

۴-۷-۱- همیاری دو عضوی/۲۳۴

۴-۸- استقرار یک همزیستی: اجتماع نوستوک-ژئوسیفون/ ۲۳۵

۴-۹- برهمکنش‌های جنسی/ ۲۳۵

۴-۱۰- برهمکنش باکتری‌ها در پلاک دندانی/ ۲۴۰

۴-۱۱- خلاصه/ ۲۴۴

۴-۱۲- پرسش‌هایی درباره این فصل/۲۴۵

Bibliography/۲۴۶

فصل پنجم: برهمکنش‌های میکروارگانیسم‌ها و گیاهان/ ۲۴۷

۵-۱- مطالب اصلی/ ۲۴۷

۵-۲- مقدمه/۲۴۸

۵-۳- روابط همزیستی با سیانوباکتر‏ها/۲۵۰

۵-۴- برهمکنش‌های ریزوسفر/۲۵۲

۵-۵- میکوریزا/۲۵۸

۵-۵-۲- اندومیکوریزا (میکوریز درونی)/ ۲۶۷

۵-۵-۳- دیگر اجتماعات میکوریزی/ ۲۷۳

۵-۶- باکتری‌های تثبیت‌کننده نیتروژن و گیاهان عالی/۲۷۴

۵-۶-۱- تجمعات ریشه/۲۷۴

۵-۶-۲- تجمعات ساقه/ ۲۸۳

۵-۷- باکتری‌ها رشد گیاه را حمایت می‏کنند/۲۸۳

۵-۷-۱- تولید هورمون/۲۸۳

۵-۷-۲- ریزوباکتر‏های کمک کننده رشد./ ۲۸۵

۵-۷-۳- همزیستی کاکتوس/ ۲۸۶

۵-۸- سطوح و میکروارگانیسم‌های برگ/۲۸۷

۵-۹- فعالیت‏های مضر میکروارگانیسم‌های گیاهان/۲۹۰

۵-۹-۱- انگل‏های قارچی/۲۹۰

۵-۹-۲- باکتری‌های بیماری‌زا/ ۲۹۳

۵-۹-۳- فعالیت‏های ریزوسفر و بیماری‏های گیاهی/۲۹۵

۵-۱۰- قارچ‌ها تحمل نسبت به افزایش دما را در گیاهان ارتقا می‏دهند/۳۰۵

۵-۱۱- کنترل زیستی آفت‏ها و عوامل بیماری‌زا/۳۰۶

۵-۱۲- خلاصه./ ۳۱۰

۵-۱۳- پرسش‌هایی درباره این فصل/۳۱۱

Bibliography/۳۱۲

فصل ششم: برهمکنش‌های میکروارگانیسم‌ها و جانوران/۳۱۳

۶-۱- موضوع‌های اصلی/۳۱۳

۶-۲- مقدمه/۳۱۴

۶-۳- همزیست‌های اولیه و ثانویه/۳۱۷

۶-۴- برهمکنش میکروب -جانور: زندگی انگلی/۳۱۹

۶-۴-۱- معرفی زندگی انگلی./ ۳۱۹

۶-۴-۲- نماتد انگل حشرات/ ۳۱۹

۶-۴-۳- اثرات عفونت‌های انگلی چندگانه بر ویرولانس/ ۳۲۰

۶-۴-۴- درون‏همزیستی شایع: Wolbachia- رابطه انگلی یا همیاری؟/۳۲۱

۶-۵- برهمکنش جانوران و میکروب‌ها: همیاری/ ۳۲۱

۶-۵-۱- روابط همیاری اجتماعات میکروبی دستگاه گوارش جانوران./۳۲۳

۶-۵-۲- مطالعه موردی: درون همزیستی منحصر به فرد باکتریایی –چندتاران/۳۲۶

۶-۵-۳- بررسی موردی: سوسک‌هایی که سبب تکثیر و انتشار قارچ‌ها می‌شوند/۳۲۶

۶-۵-۴- همیاری‏شپشک آردی/ ۳۲۷

۶-۵-۵- باکتری‌های لومینسانس در ماهی و سرپایان نرم‌تن/. ۳۲۹

۶-۶- درس‌هایی از اعماق: دیدگاه زیست‌محیطی و تکاملی همزیستی‏های موجود در دودکش‏های اعماق دریا    /    ۳۲۹

۶-۷- برهمکنش‌های میکروب‌ها و مهره‌داران/۳۳۲

۶-۷-۱ -پرندگان و باکتری‌ها./ ۳۴۰

۶-۷-۲- میکروارگانیسم‌ها و انسان‌./۳۴۱

۶-۸- تغذیه وشکار به وسیله جانوران/۳۵۰

۶-۹- اکولوژی میکروبی زنبور عسل/ ۳۵۳

۶-۱۰- خلاصه/ ۳۵۷

۶- ۱۱- پرسش‌هایی درباره این فصل/۳۵۹

Bibliography       /۳۶۰